Administrativ historik
Kommunens område motsvarar socknarna Almunge, Balingsta, Björklinge, Bladåker, Bondkyrka, Bälinge, Börje, Dalby, Danmark, Faringe, Funbo, Gamla Uppsala, Hagby, Jumkil, Järlåsa, Knutby, Lena, Läby, Ramsta, Rasbo, Rasbokil, Skogs-Tibble, Skuttunge, Stavby, Tensta, Tuna, Uppsala-Näs, Vaksala, Viksta, Vänge, Västeråker, Åkerby, Åland och Ärentuna. I dessa socknar bildades vid kommunreformen 1862 landskommuner med motsvarande namn. I området fanns även Uppsala stad som 1863 bildade en stadskommun.
1947 införlivades Bondkyrka landskommun och Gamla Uppsala landskommun i Uppsala stad
Vid kommunreformen 1952 bildades ett antal "storkommuner" i området: Björklinge (av de tidigare kommunerna Björklinge och Viksta), Bälinge (av Bälinge, Börje, Jumkil, Skuttunge och Åkerby), Knutby (av Bladåker, Edsbro, Faringe och Knutby), Norra Hagunda (av Järlåsa, Läby, Skogs-Tibble, Vänge och Åland), Oland (av Alunda, Ekeby, Skäfthammar, Stavby och Tuna), Rasbo (av Rasbo och Rasbokil) Södra Hagunda (av Balingsta, Dalby, Hagby, Ramsta, Uppsala-Näs och Västeråker), Vaksala (av Danmark, Funbo och Vaksala) samt Vattholma (av Lena, Tensta och Ärentuna). Almunge landskommun samt Uppsala stad förblev opåverkade.
1967 införlivades Södra Hagunda och Vaksala landskommuner i Uppsala stad samtidigt som Rasbo landskommun införlivades i Olands landskommun.
Uppsala kommun bildades vid kommunreformen 1971 av Uppsala stad samt landskommunerna Almunge, Björklinge, Bälinge, Knivsta, Norra Hagunda och Vattholma samt delar ur Knutby landskommun (Bladåkers, Faringe och Knutby församlingar). 1974 införlivades delar ur då upplösta Olands kommun (Rasbo, Rasbokils, Stavby och Tuna församlingar). 2003 utbröts ur kommunen området som utgjort Knivsta landskommun för att bilda Knivsta kommun.
Styre
Under mandatperioden 2002–2006 styrdes kommunen av Socialdemokraterna med stöd från Vänsterpartiet och Miljöpartiet.
Under mandatperioderna 2006–2014 styrdes kommunen av de borgerliga partierna (Alliansen).
Under mandatperioden 2014–2018 styrde Socialdemokraterna, Miljöpartiet och Vänsterpartiet (de rödgröna) med egen majoritet. Efter kommunvalet 2018 tog ett nytt blocköverskridande styre med Socialdemokraterna, Miljöpartiet och Liberalerna (mittstyret) över makten, då inget block fått egen majoritet och Sverigedemokraterna blivit vågmästare.
Under mandatperioden 2022–2026 styr Socialdemokraterna, Vänsterpartiet och Miljöpartiet i minoritet. Tillsammans har dessa tre partier en valteknisk samverkan med Utvecklingspartiet Demokraterna.